Для разделения и изоляции бактериальной РНК из смешанных образцов. Набор Ambion™ включает достаточное количество реагентов для истощения 500 мкг РНК клетки-хозяина (20 реакций x 25 мкг РНК) из сложной смеси РНК хозяина и бактерий. Анализ экспрессии генов после взаимодействия хозяина и бактерий революционизирует наше понимание реакции хозяина на бактериальную инфекцию. Многочисленные исследования использовали анализ микрочипов для отслеживания изменений транскриптома клетки-хозяина в ответ на взаимодействие с бактериями. Однако, поскольку не существует метода изоляции бактериальной РНК от РНК клетки-хозяина, соответствующий анализ бактериальных транскриптомов был невозможен. Набор MICROB Enrich ™ позволяет проводить анализ экспрессии микрочипов всего генома бактериальной РНК после взаимодействия хозяина и бактерий.

Начните с любого образца общей РНК
Для анализа микрочипов и других чувствительных приложений рекомендуется обработка ДНКазой для удаления загрязняющей геномной ДНК из общей РНК перед процедурой набора MICROB Enrich™ .

Удалить >90% РНК млекопитающих из комплексных смесей общей РНК Набор
MICROB Enrich ™использует технологию гибридизационного захвата (патент находится на рассмотрении) для удаления РНК человека, мыши и крысы (как мРНК, так и рРНК) из сложных популяций РНК хозяина-бактерии, оставляя после себя обогащенную микробную общую РНК. На первом этапе процедуры общая РНК хозяина-бактерии инкубируется со смесью олигонуклеотидов захвата, которые связывают 18S и 28S рРНК млекопитающих и полиаденилированные РНК. Затем гибриды рРНК/олигонуклеотидов и все полиаденилированные мРНК удаляются из смеси с помощью магнитных шариков, дериватизированных олигонуклеотидами. После магнитного разделения бактериальная РНК остается в супернатанте и может быть осаждена этанолом. Электрофореграмма биоанализатора Agilent 2100 (см. рисунок) показывает почти полное удаление (>95%) 18S и 28S рРНК хозяина из смешанного образца. Бактериальные мРНК, очищенные с помощью набора MICROB Enrich™, являются лучшими шаблонами, чем общая РНК, для последующих приложений и, следовательно, обеспечивают резкое увеличение чувствительности при использовании в таких приложениях, как анализ массивов (см. рисунок). Набор

MICROB Enrich™ будет работать с любыми видами бактерий
Набор MICROB Enrich ™ был оптимизирован с использованием РНК E. coli на фоне РНК человека, мыши и крысы. Однако набор должен хорошо работать с РНК любых видов бактерий. Хотя многие виды млекопитающих-хозяев могут быть совместимы с набором MICROB Enrich ™ , для проектирования и оптимизации олигонуклеотидов захвата использовались только последовательности рРНК человека, мыши и крысы.

Вспомогательные продукты:
Для использования этого набора требуется магнитная подставка. Они доступны в нескольких форматах, включая Single Place Magnetic Stand (SKU #AM10026), 6 Tube Magnetic Stand (SKU #AM10055) и 96-луночные Magnetic Stands (SKU #AM10027 и #AM10050). Набор RiboPure™-Bacteria Kit (SKU #AM1925) идеально подходит для очистки общей РНК клеток бактерий-хозяев. Реагенты TURBO™ DNA- free ™ или DNA -free ™ DNase Treatment and Removal Reagents (SKU #AM1907 и AM1906 соответственно) рекомендуются для анализа микрочипов и других приложений, где необходимо удаление загрязняющей геномной ДНК. После процедуры MICROB Enrich™ бактериальная мРНК может быть очищена от общей РНК с помощью набора MICROB Express™ Bacterial mRNA Enrich Kit (SKU #AM1905). Эта технология позволяет удалить >95% прокариотических 16S и 23S рРНК.