Единственный изомер, 6-FAM, содержит карбоновую кислоту, которая может быть использована для реакции с первичными аминами через карбодиимидную активацию карбоновой кислоты. Флуоресцеин является наиболее распространенным реагентом флуоресцентной дериватизации для маркировки биомолекул. В дополнение к его относительно высокой поглощающей способности, превосходному квантовому выходу флуоресценции и хорошей растворимости в воде, флуоресцеин имеет максимум возбуждения, который близко соответствует спектральной линии 488 нм аргонового ионного лазера.